أشارت المادة الثالثة من قانون الضمان الصحي إلى أهداف البرنامج، وهي: توفير منظومة صحية متكاملة ذات جودة عالية تتسم بالمرونة والقدرة على التطور والاستجابة لتطلعات المستفيدين جاذبة للاستثمار الصحي، إنشاء نظام تمويل صحي يتسم بالكفاءة والاستدامة ويكفل الحرية في اختيار مقدم الخدمة الصحية، وتقديم خدمة صحية عادلة تتسم بالتنافسية ضمن إطار يحمي حقوق كافة الأطراف المشاركة في الضمان الصحي.

يوفر البرنامج تأميناً شاملاً للمواطنين والمقيمين ، كما سيوفر حرية الاختيار للمواطن للعلاج في المراكز الصحية والمستشفيات الحكومية، وسيتم تسجيل كل مواطن  لدى طبيب عائلة مسؤول عن خدماته العلاجية والوقائية والاكتشاف المبكر للأمراض المزمنة، ومتابعة علاجه في المركز الصحي أو تحويله إلى الأخصائيين إذا لزم الأمر، ومتابعة حالته بعد ذلك معهم.

وهذا النظام يكفل استمرارية العلاج مع طبيب العائلة وتكامل العلاج، حيث أنّ المستشفيات في طور تطبيق نظام التسيير الذاتي الذي يشجع المستشفيات على التنافس الإيجابي في خدمة لمرضى وعلى الرقي بجودة الخدمات الصحية لجذب المواطنين

بالإضافة الى استمرارية الخدمات الصحية المقدمة من الحكومة حاليا للمواطن سيقوم برنامج الضمان الصحي بتوفير حرية الاختيار بين مقدمي الخدمات الصحية، إضافة إلى رزمة (باقة) اختيارية للمواطنين بدعم حكومي لإتاحة العلاج في القطاع الخاص، كما سيوفر حرية إختيار طبيب العائلة من خلال برنامج "اختر طبيبك"، بالإضافة إلى تعزيز وخلق التنافسية البناءة بين المستشفيات ومقدمي الخدمة لإرضاء المريض مما سيساهم في تحسين جدوى الخدمات، عوضاً عن تأسيس نظم معلومات مترابطة وملف إلكتروني موحد للمريض يمكن للمصرح لهم من مقدمي الخدمة الاطلاع عليه مع الأخذ في الاعتبار سرية المعلومات الصحية للمرضى.

كما سيقوم الضمان الصحي بمراقبة الخدمات المقدمة بشكل مستمر للتأكد من جودتها، وسيتم استحداث حوافز للموظفين الذين يقدمون خدمات مميزة، وسوف يقوم برنامج التسيير الذاتي للمستشفيات الحكومية ومراكز الرعاية الصحية الأولية بتسهيل عملية اتخاذ القرارات الإدارية في المؤسسات مما سيؤدي إلى خدمات علاجية أفضل.

إنّ برنامج الضمان الصحي سيمنح المريض حرية اختيار المستشفى بين المستشفيات الحكومية في إطار الباقة الصحية الأساسية، كما سيتيح له حرية الاختيار بين المستشفيات الحكومية والخاصة بالنسبة للرزمة الصحية الاختيارية، فكل مستشفى سيطور ويحسّن خدماته، وذلك لتقديم الرعاية لأكبر عدد من المرضى، وفي المقابل فإنّ المريض سيختار مكان علاجه حسب رغبته.

تتمثل المحاور الرئيسية في الآتي: التسيير الذاتي لمقدمي الخدمات الصحية، ويشمل تمكين المستشفيات والمراكز الصحية من أخذ القرارات لإدارة شؤونها التشغيلية من قبل مجالس أمنائها وإداراتها المعنية، بالإضافة إلى صندوق الضمان الصحي وهي الجهة المعنية بتمويل الرعاية الصحية، كما يتضمن محوراً رئيسياً يتعلق بنظام المطالبات المالية، وسيتم في الفترة القادمة استكمال النموذج المالي، وتحديث نظم المعلومات الصحية: حيث يتم توفير بيانات دقيقة لمقدمي الخدمة ومتخذي القرار والمشاركة في مجال التخطيط والتدريب، وقد تم وضع الاستراتيجية، وإعداد النظام الإلكتروني لبرنامج "صحتي"، وسيتم التطبيق في المرحلة القادمة، وسيتولى القطاع الخاص (شركات التامين) خدمات التامين على المقيمين حسب الضوابط التي سيحددها النظام. الخدمات المتوافرة حسب الرزم (الباقات) الصحية

إنّ الباقة الصحية الإلزامية ( الأساسية ) للمواطنين ستشمل جميع الخدمات الصحية الحالية، بالإضافة إلى علاجات أخرى غير متاحة حاليا ومن بينها علاج أطفال الانابيب وعمليات السمنة حسب الشروط، علماً بأن هذه الباقة الاساسية مجانية، حيث أنها ستتيح للمواطن العلاج في كافة المستشفيات والعيادات الحكومية من اختياره من دون سقف مالي للعلاج.

إنّ الباقة الصحية الاختيارية للمواطنين تمنح الفرصة للراغبين في العلاج في المستشفيات الخاصة أو الحصول على بعض الخدمات الاضافية الخاصة في المستشفيات الحكومية، وتكون هذه الباقة الاختيارية مدعومة من الحكومة على أن يدفع المواطن جزءًا من الاشتراك السنوي ومقدار مشاركة للعلاج.

في الواقع، إنّ قانون الضمان الصحي حدد هذه النسبة ضمن اطار الباقة الاختيارية للمواطنين، حيث أنّ صندوق الضمان الصحي سيدفع 60% من قيمة الاشتراك، والمواطن سيدفع 40%، بالإضافة إلى نسبة ثابتة يتم دفعها عند المراجعة.وللتوضيح فان هذه الخدمة غير متاحة في الوقت الراهن.

إنّ الادوية ستكون متوافرة ومجانية للمواطنين، ولن يدفع المواطن أي مبالغ مقابل الدواء في المستشفيات والمراكز الصحية الحكومية.

سيتم منح القطاع الطبي الخاص فرصة علاج جميع المقيمين الذين يشكلون نسبة كبيرة من سكان البحرين، بالإضافة إلى إتاحة الحق له لعلاج البحرينيين الذين لديهم الباقة الصحية الاختيارية. ولذلك فإنّه من المتوقع أن تكون وتيرة عمل القطاع الطبي الخاص أكبر من الوضع الحالي.

وزارة الصحة ستتولى مهام الصحة العامة والنفسية وتعزيز الصحة وستقوم بدور المنظم للخدمات الصحية، كما ستندرج تحت اختصاصات الوزارة دوائر الجودة والتخطيط والتدريب.

إنّ نظام الضمان الصحي للمواطنين يعد نظاماً جديداً يستلزم انشاء مؤسسات جديدة مثل صندوق الضمان الصحي والتسيير الذاتي ونظم التأمين الخاصة بالمواطنين وما تتطلبه من برامج معلوماتية وغيرها لذلك تأخذ وقتاً أكبر لتهيئة الأرضية لتطبيق النظام، والجدير بالذكر قام فريق العمل بالشروع في انجاز هذه المتطلبات خلال الفترة السابقة، وتم الانتهاء من العديد منها، اما بالنسبة لتأمين المقيمين فان البنية التحتية مهياة للمرحلة الأولى من التطبيق، والمطلوب وضع عقود مطورة تضمن تحقيق أهداف قانون الضمان، وسيبدأ تطبيقه تدريجياً خلال النصف الثاني من هذا العام. 

ويهدف مشروع التأمين على المقيمين لتمهيد الطريق لخطة تأمين مستدامة للمقيمين من خلال نظام تأمين صحي شامل وممول ذاتياً، وبناء برنامج تأمين صحي خاضع للرقابة ويربط جميع المرضى الوافدين بمقدمي الرعاية الصحية ومشتري الخدمات في القطاع الخاص من خلال قاعدة بيانات مركزية مبتكرة ضمن خدمات رعاية صحية فعالة وذات جودة عالية.

والنظام المستقبلي سيتم من خلاله تغطية جميع المقيمين من خلال الباقة الصحية الأساسية للمقيمين التي ستوفر مستوى ثابتاً وشاملاً من الرعاية الصحية وإمكانية الوصول إلى الخدمات الصحية لجميع المقيمين.

إنّ الخدمات المشمولة بالباقة الأساسية للمقيمين تشمل بعض خدمات الرعاية الأولية، وخدمات المرضى الداخليين والعيادات الخارجية والحوادث والطوارئ في المستشفيات، فضلاً عن الأمراض المعدية وذلك وفقا للقانون.

في الواقع تعد مخازن الأدوية المركزية أحد المشاريع المنضوية تحت مظلة صندوق الضمان الصحي "شفاء"، وكان من المهم العمل على تحويل المخازن إلى مخازن مركزية تخدم المستشفيات العامة والخاصة والصيدليات، ومن أهم أهداف المخزن ادارة مخزون الأدوية وتوزيعها ووضع الخطط اللازمة للتأكد من عدم نفاذ الأدوية، كما سيتم تعزيز وتطوير آلية  الشراء الوطني والخليجي الموحد للدواء.

لا يخفى أهمية الجانب الإعلامي للمشروع، وقد قام المجلس الأعلى للصحة بالتعاون مع مركز الاتصال الوطني بوضع وإطلاق خطة إعلامية على المستوى الوطني، وتشمل كافة المواطنين والمقيمين والجهات ذات الصلة.