يتولى المجلس وضع الاستراتيجية الوطنية للصحة في المملكة ومتابعة تنفيذها مع الوزارات والمؤسسات والهيئات المعنية، وله في سبيل ذلك ممارسة الاختصاصات التالية:


- وضع السياسات حول العدد الكلي من الأسرة المطلوبة للبحرين وتوزيعها على الحالات الحادة والمزمنة والنفسية وغيرها وتنسيق خطط وبرامج الوزارات والمؤسسات والهيئات المعنية بالتنفيذ.
- وضع سياسة تمويل الخدمات الصحية من خلال تطبيق نظام شامل للتأمين الصحي.
- وضع تصور لعدد وأماكن توزيع المؤسسات الصحية العامة والخاصة بالمملكة.
- إيجاد نظام موحد لتقنية المعلومات في جميع المؤسسات الصحية العامة والخاصة بالمملكة.
- تطوير معايير جودة الخدمات الصحية واتخاذ التدابير اللازمة التي تضمن احترام حقوق وسلامة المستفيدين منها بالتنسيق مع الهيئة الوطنية لتنظيم المهن والخدمات الصحية.
- إقرار ضوابط وسياسيات التدريب في كل من المستشفيات والمؤسسات التعليمية الصحية لضمان توفير الكوادر الطبية والصحية والإدارية.
- تشجيع وتنسيق البحث العلمي في المجال الصحي.
- تنسيق الخدمات الطبية بين مقدمي الخدمة بالمملكة.
- تنظيم المؤتمرات الصحية وزيارات المختصين في المجال الصحي للمملكة.
- وضع تصور لضوابط تعيين مجالس إدارات المؤسسات الصحية.
- وضع الضوابط العامة لعمليات الشراء الموحد للأدوية والأجهزة والمواد الطبية.
- تشجيع الجمعيات الأهلية العاملة في المجال الصحي والتعاون معها بما يعود بالنفع على المواطنين والمقيمين.
- التوصية بما يراه من تعديلات على التشريعات المتصلة بالصحة، ورفعها إلى مجلس الوزراء.
- وضع تقرير سنوي يُعرض على مجلس الوزراء، يتناول فيه، بالإضافة لأهم قراراته وتوصياته عن السنة المشمولة بالتقرير- تقييماً لأوضاع الصحة في المملكة وسبل تطويرها.